Overeenkomstig art. 972 Ger.W. dient de beslissing waarbij het deskundigenonderzoek wordt bevolen de omstandigheden te vermelden die het deskundigenonderzoek noodzaken en een nauwkeurige omschrijving van de opdracht van de deskundige te bevatten. De omschrijving van de opdracht komt derhalve toe aan de rechtbank. De opdracht dient in ieder geval aangepast te zijn aan de inhoud van het dossier.
Wanneer de deskundige onvolmaaktheden vaststelt die niet zijn opgeworpen door de partijen, dan mag hij deze niet behandelen in het verslag of daaromtrent adviseren, dan mits uitdrukkelijke toestemming van alle partijen. Hij mag immers geen nieuwe betwistingen in het leven roepen.
In de loop van het deskundigenonderzoek, kunnen betwistingen ontstaan tussen de partijen of tussen de partijen en de deskundige omtrent de eventuele uitbreiding van de opdracht van de deskundige. De partijen (en deskundigen) kunnen zich derhalve bij gewone brief, met vermelding van de redenen voor de uitbreiding van de opdracht van de deskundige, tot de rechter wenden. De rechter zal de partijen en deskundigen vervolgens oproepen en een uitspraak doen bij met redenen omklede beslissing (art. 973, §2 Ger.W.).
De partijen kunnen in onderling overleg de deskundige verzoeken om vragen te beantwoorden die niet in het vonnis staan vermeld. De deskundige kan hierop ingaan zonder dat daarvoor eerst de rechtbank dient te worden gevat. Indien de partijen het hierover niet eens zijn, kan de deskundige hier niet op ingaan.
De deskundige moet antwoorden op alle punten en vragen die op bijkomstige of natuurlijke wijze voortvloeien uit zijn opdracht zoals bepaald in het vonnis. Hij kan echter enkel vaststellingen verrichten of een technisch advies geven (art. 962 Ger.W.). Hij kan dus een uitspraak doen over juridische aangelegenheden.